Министерство юстиции Российской Федерации (Минюст России) является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке и реализации государственной политики и нормативно-правовому регулированию и функции по контролю и надзору в сфере регистрации некоммерческих организаций, включая отделения международных организаций и иностранных некоммерческих неправительственных организаций, общественные объединения, политические партии и религиозные организации.

Таким образом, в отношении структурного подразделения - отделения иностранной некоммерческой неправительственной организации, признанной в соответствии с новой редакцией Федерального закона от 10 января 2006 г. «О некоммерческих организациях» отдельной формой некоммерческой организации, установлен исключительный режим регистрации. То есть на региональном уровне регистрация отделений иностранных некоммерческих неправительственных организаций не осуществляется. Указанное положение направлено на обеспечение стабильности гражданского общества и равенства всех субъектов права, действующих для достижения полезных целей и благ. Кроме того, целью принятия этого положения было обеспечение защиты некоммерческих организаций от вмешательства иностранных государств и объединений в их политическую деятельность и ее финансирование, и цель эта достигается за счет установления в Законе положений, соответствующих законодательству иностранных государств, учитывающих их интересы. Принципиально важным является положение о введении уведомительного учета о создании на территории РФ филиала или представительства иностранной некоммерческой неправительственной организации.

В соответствии с п. 7 ст. 13.2 Закона о некоммерческих организациях иностранной некоммерческой неправительственной организации может быть отказано во внесении в реестр сведений о филиале или представительстве по следующим основаниям: