Процес очистки відбувається в прошарі рідини і супроводжується штучним введенням в нього кисню в складі повітря та активного мулу, вилученого із вторинних відстійників, що є джерелом життєдіяльності бактерій. Слід відмітити, що у спорудах біологічної очистки стічних вод протікають складні, до того ж на сьогоднішній день недостатньо вивчені, гідравлічні, фізико-хімічні і біологічні процеси.

Під час очищення стічних вод мають задовольнятися вимоги за активною реакцією середовища, температурою, сольовим складом, наявністю шкідливих речовин, масел, вмістом біогенних елементів. Для забезпечення нормального пербігу процесу біологічного очищення до аеротенку потрібно безперервно подавати повітря за допомогою системи аерації, керувати повітродувкою, насосами поворотного і надлишкового мулу.  Основне питання автоматизації аеротенка – це розробка схеми автоматичної стабілізації в оптимальних межах співвідношення між кількістю поступаючих стоків і концентрацією біологічного забруднення в них з кількістю повітря і активного мулу, котрі вводяться в цю очисну споруду.