Розвинена онтологія з розробленими категоріями механічно поєднується з міфологічною космогонією. В центрі світу знаходиться Макешвара, який з атомів творить матеріальні стихії, далі Ішвара створює золоте яйце, з якого виникає уся решта предметів, та Брахма, який своєю чергою породжує Праджанаті та варни людей. Коли цикл розвитку завершується, Макешвара руйнує світ на атоми, щоб дати душам можливість відпочити від процесу переродження. Далі все повторюється.

Вчення Вайшешики мало не тільки розвинену онтологію, а й цікаву натуралістичну теорію пізнання, яка багато в чому збігається з гносеологією школи ньяя.

Виникнення школи ньяя відносять зазвичай до І ст., коли був створений трактат "Ньяя-сутра", авторство якого традиція приписує Готамі (Гаутамі) на прізвисько Актанада — "той, що дивиться під ноги". Багато дослідників пов'язують виникнення ньяя з необхідністю створення теорії суперечки. Справді, логічні проблеми аргументації посідають чільне місце серед досліджуваних цим вченням питань.

Ньяя та вайшешика виходять з спільних положень і приходять до близьких наслідків. Одне начебто доповнює інше: якщо вайшешика більше уваги приділяє онтології, то ньяя зосередила свої зусилля в галузі логіки та теорії пізнання. Незважаючи на близькість за змістом систем, обидві школи існували самостійно.

Ньяя, як і вайшешика, визнає реальність довколишнього світу і можливість його пізнання. Видів пізнання виділяють чотири:

1) сприйняття, яке буває внутрішнім — розум (манас) та зовнішнім — органи відчуття;

2) висновок, що є логічним умовиводом;

3) порівняння, тобто зіставлення речі та її найменування;

4) свідчення авторитету, яке застосовується, коли об'єктом пізнання є об'єкт, що не сприймається.