Таким чином, інститути ШОС є наднаціональними і не залежать від національних урядів.
ШОС має власний бюджет, який формується та виконується відповідно до спеціального угодою між державами-членами. Ця угода також визначає розміри внесків, які щорічно внески держав-членів до бюджету Організації на основі принципу пайової участі.
Розміри внесків держав-членів ШОС до бюджету Організації:
- Республіка Казахстан - 20%;
- Республіка Узбекистан - 15%;
- Республіка Таджикистан - 6%;
- Киргизька Республіка - 12%;
- Китайська Народна Республіка - 23,5%;
- Російська Федерація - 23,5%.
Бюджет Організації складається строком на один календарний рік, який також є фінансовим роком і затверджується Радою Глав Урядів.
Бюджет Організації охоплює всі передбачувані надходження і плановані витрати на фінансовий рік, до якого вони належать, і формується в доларах США. Щорічні внески і аванси нараховуються і сплачуються в доларах США.
Суми, що підлягають сплаті в рахунок пайових (нарахованих) внесків, перераховуються в банк, визначений Виконавчим секретарем за погодженням з Радою національних координаторів. Нараховані внески підлягають сплаті в повному обсязі протягом тридцяти днів з моменту отримання від Виконавчого секретаря повідомлення про належних внески або до першого дня календарного року.
Несплачені державою-членом суми нарахованих щорічних пайових внесків є заборгованістю даної держави перед Організацією, що підлягає обов'язковому погашенню.
Депозитарієм цієї Угоди є Китайська Народна Республіка.
Кошти бюджету спрямовуються на фінансування постійно діючих органів ШОС у відповідності з вищезазначеною угодою. Держави-члени самостійно несуть витрати, пов'язані з участю їх представників та експертів у заходах Організації.