Існують три головних методи експертизи інноваційних проектів, що фінансуються з бюджету:

- описовий;

- порівняння становищ «до» і «після»;

- порівнянна експертиза.

Описовий метод широко поширений у багатьох країнах. Його суть складається в тому, що розглядається потенційний вплив результатів здійснюваних проектів на ситуацію на визначеному ринку товарів і послуг. Одержувані результати узагальнюються, складаються прогнози і враховуються побічні процеси. Він дозволяє враховувати, наприклад, взаємодія сфери НІОКР із патентним правом, податковим законодавством, утворенням, підготуванням і перепідготовкою кадрів.

Головна негативна риса цього методу в тому, що він не дозволяє коректно зіставити два і більш альтернативних варіанти.

Метод порівняння становищ «до» і «після» дозволяє брати до уваги не тільки кількісні, але і якісні показники різноманітних проектів. Проте цьому методу властива висока можливість суб'єктивної інтерпретації інформації і прогнози.

Порівнянна експертиза складається в порівнянні становища підприємств і організацій, що одержують державне фінансування і не отримуючих його. У цьому методі звертається увага на порівнянність потенційних результатів здійснюваного проекту, що складає одне з вимог перевірки економічної обґрунтованості конкретних вирішень по фінансуванню короткострокових і швидкоокупних проектів.

Метод порівнянної експертизи застосовується в США й інших країнах із розвитою ринковою економікою. Цей метод також мають негативні риси, зокрема, він не застосовується при виробітку довгострокових пріоритетів державної політики.