Природа гідрологічного парку в основному озера, яких загальна площа майже в два рази більша, ніж у всіх інших національних парках Польші. Також там є дуже щільна мережа каналів і рвів. Озера Лебско і Гардно належать до п'яти найбільших озер Польші. Значно меншими за площою там є і інші озера, тобто Довге Велике, Довге Мале і Смолдзінське, ще там є періодично висихаючі резервуари. Загальна довжина тринадцяти каналів розташованих у межах Парку становить 58 км, а їх площа близько 48 га.

  Гідрологічні умови Мерзей Лебської коси відрізняються від низинних областей. Під дюнами ґрунтові води протікають дуже глибоко, і практично ці ґрунтові води недостатні для рослин, які в цій ситуації головним чином використовують вологу атмосферних опадів. В дефляційній западині дзеркало ґрунтових вод, як правило, падає нижче 50-60 см, хоча час від часу може з'явитися навіть на поверхні. Їх рівень залежить не тільки від великої кількості опадів, але і від стану води в Балтійському морі та озерах Лебські і Гардно. Прісні ґрунтові води не змішуються із солоною водою, які мають більшу вагу і знаходяться значно глибше під товстим шаром піску. Характерні також джерела вод, які витікають з дюн на висоті озера Довге Мале і протікають через піски, впадаючи прямо в море.

  З декількох річок, що перетинають площу Парку, природний характер мають тільки ріка Леба і Лупава. Ріка Леба протікає через канал і впадає в озеро Лебське (чарівне, повне меандр і макрофітів),