Структурная система АТП, в отличие обыкновенных регламентных систем, функционирует благодаря собственному аналитическому алгоритму, который обеспечивает соблюдение технологических операций и маршрутов. Все и по отдельности контрольно-диагностические (КД) операции в представленном алгоритме это своеобразный условный оператор, который регулирует дальнейшие изменение маршрута автомобиля в системе АТП.

ПТО - производственно-технический отдел - занимается совокупным внедрением новой поставленной техники и соблюдением технологических процессов. ПТО организовывает и отвечает за реконструкцию помещений и оборудования, за соблюдения правил охраны труда и техники безопасности. В обязанности производственно-технического отдела входит разработка производственной документации, нормативов и инструкций. И в число обязанностей ее деятельности входит руководство изобретательской деятельностью, подготовкой рабочих кадров инженерно-технического персонала.

ОГМ - отдел главного механика – предназначен для поддержания работоспособного состояния основного и вспомогательного производственного оборудования и базы инструментов, сооружений и помещений, и подсобного хозяйства.

ОТС - отдел технического снабжения – функционирует как снабженец автотранспортного предприятия (АТП) запчастями, производственными материалами для ремонта и обслуживания автомобилей. К основным обязанностям отдела технического снабжения входит организация работы АТП и складского хозяйства.