За год расследования обнаружилось, что именно организация «Эргенекон» совершила все самые громкие, но не раскрытые преступления в Турции за последнее десятилетие. Так, на нее была возложена ответственность за убийство армянского журналиста Гранта Динка в январе 2007 года. Следствие также объявило, что боевики «Эргенекона» планировали убийство нобелевского лауреата по литературе Орхана Памука[2], премьера Реджепа Тайипа Эрдогана, бывшего главы Генштаба Яшара Бюйюканыта, главы разведки Полицейского департамента Рамазана Акюрека, журналиста Фехми Кёрю. Затем оказалось, что организация планировала антиправительственный заговор под кодовым названием «план по борьбе с реакцией» и готовила кадров на замену высших должностных лиц страны.

Фактически, за время следствия по делу «Эргенекон» было арестовано более ста человек[3], среди которых бывший ректор Стамбульского университета Кемаль Алемдароглу, председатель Рабочей Партии Турции Догу Перинчек, главный редактор газеты Джумхуриет Ильхан Сельчук, главный редактор журнала Айдынлык Серхан Боллук, отставной генерал Вели Кючюк, отставной генерал Шенер Эруйгур, возглавляющий влиятельную общественную организацию «Общество мысли Ататюрка» и другие известные общественные деятели. (Полный список арестованных по делу «Эргенекон» см. в приложении 5).

На фоне арестов по делу «Эргенекон» 14 марта 2008 года Генпрокуратура возбудила против правящей партией ПСР судебное разбирательство.[4] Причиной стало принятие в феврале 2008 года парламентом Турции закона об отмене запрета на ношение в турецких вузах мусульманского платка — хиджаба.[5] Генеральная прокуратура обвинила ПСР в отступлении от принципов Кемаля Ататюрка, генеральный прокурор Кассационного суда А. Ялчинкая направил в Конституционный суд обращение с материалами дела и требованием распустить партию. Кроме этого, в требование А. Ялчинкая вошли уже традиционные для турецкой политической жизни положения о пятилетнем запрете на политическую деятельность для 71 члена ПСР, включая Р. Т. Эрдогана и А. Гюля.