Головування в організації здійснюється за принципом ротації. Постійний міжнародний секретаріат і Генеральний секретар ОЧЕС розміщуються у Стамбулі (Туреччина). Діють 14 робочих груп. Організація має свій фінансовий інститут — «Чорноморський банк торгівлі і розвитку» з резиденцією в Салоніках (Греція), капітал якого становить 1 млрд. доларів. У банку з частками по 16,6% беруть участь Греція, Туреччина і Росія, з частками по 13,5% — Болгарія, Румунія і Україна, а частки решти держав становлять по 2%. Під час головування України в ОЧЕС було проведено засідання Ради мiнiстрiв закордонних справ країн-членiв ОЧЕС, п'яту зустріч мiнiстрiв внутрішніх справ та другу Чорноморської транспортної конференції. Окрему увагу було приділено підготовці міжнародної конференції «Ділові можливості Чорноморського регіону», що відбулася в жовтні 2002 р. у Ялті. Питання співробітництва країн ОЧЕС у транспортній сфері регулює Угода про співпрацю в галузі автомобільних перевезень, розроблено заходи з уніфікації деяких документів і тарифів автоперевезень.

Йдеться також про розробку проекту створення єдиної транспортної автомагістралі, яка б надійно пов'язала всіх учасників ОЧЕС. 28 січня 2005 р. в Салоніках відбулася зустріч міністрів транспорту країн-членів ОЧЕС, в якій взяли участь, крім країн учасниць, представники Бізнесової ради ОЧЕС, Чорноморського банку торгівлі і розвитку, Міжнародного центру чорноморських досліджень, Єврокомісії, Міжнародної дорожньої федерації, Комісії Об'єднаних націй з економічних питань, Асоціації чорноморських та азовських морських портів, Міжнародної Асоціації судновласників, Чорноморської регіональної асоціації суднобудівельників та судновласників, Союзу дорожньотранспортних асоціацій в регіоні ОЧЕС, інших міжнародних організацій. Конференція була присвячена питанням інтенсифікації співпраці ОЧЕС та ЄС у сфері транспортних комунікацій, обговоренню перспектив об'єднання транспортних систем Чорноморського регіону з транс