На етапі перевірки бюджетна організація перевіряє і підтверджує виконання всіх вимог щодо сплати конкретних видатків (наприклад, товар доставлений або послуги отримані відповідно до угоди, надійшов термін сплати процентів або погашення позики). Реєстрація на цьому етапі дає можливість від стежити взяті, але ще не сплачені зобов'язання, і знати суму ресурсів, необхідних для цієї оплати.

Далі проводиться оплата прийнятих раніше зобов'язань, в результаті скорочується обсяг зобов'язань держави.При цьому перевіряється законність підстави (наявність підтвердних документів, нормативно-правових актів тощо) для здійснення платежів, відповідність платежів вимогам обліку та контролю за зобов'язаннями, а також правильність оформлення розрахункових документів.

Операції казначейства з метою контролю за виконанням бюджету можуть здійснюватись у різних формах. Казначейство встановлює та контролює дотримання загальних фінансових лімітів на етапах зобов'язань. Після цього на етапі оплати контролюється кожний конкретний платіж.

У процесі контролю за державними видатками можна виділити три фази, що відповідають етапам використання коштів:

1) попередній контроль здійснюється на стадії прийняття зобов'язань, особливо на стадії схвалення та дозволу на витрачання державних коштів; поточні зобов'язання - тобто ті, які будуть виконані та потребують повної сплати в поточному році; перехідні зобов'язання - тобто ті, сплата по яких буде здійснюватися за рахунок асигнувань майбутніх періодів протягом кількох років.Слід мати на увазі, що прийняття великого обсягу перехідних зобов'язань значно погіршує "гнучкість" бюджету, зменшує можливості забезпечення пріоритетних завдань.

Попередній контроль передує здійсненню операцій надходження та витрачання коштів і являється найважливішою етапом роботи органів Державного казначейства. Ефективність цієї форми контролю полягає в тому, що вона надає можливість запобігти порушенню законів, нецільовому використанню коштів. У випадку виявлення спроб нецільового використання коштів органи Державного казначейства оформляють відмови в оплаті рахунків розпорядників та одержувачів бюджетних коштів