Пересмотр границ был категорически отвергнут правительством Российской Федерации. В июне 1994 года президент РФ Борис Николаевич Ельцин принял указ об одностороннем обозначении на местности границ между Российской Федерацией и Эстонской Республикой. Посетив приграничную зону, он заявил, что «ни пяди земли русской не достанется никому».

В мае 1995 года, после прихода к власти нового президента Леннарта Мера, эстонская республика заявила о готовности подписать совместный договор о границе с Российской Федерацией, в котором окончательно решался пограничный вопрос. Вскоре, в Пскове стороны согласовали положение о том, что у них отсутствуют территориальные притязания друг к другу. В ноябре 1995 года в Таллинне российско-эстонская группа официально закрепила подписями договорённость о прохождении демаркационной линии границы. А в феврале 1996 года начата совместная работа по описанию границы.

На сегодняшний день решению вопроса о границе между РФ и Эстонией мешает лишь тот факт, что эстонская сторона настаивает на положении пограничной линии времён 1920 года. Однако данное требование имеет принципиальный характер. Данные споры также имеют политический окрас, ведь если Российская Федерация признает границы 1920 года, то автоматически признает и факт оккупации 1940 года, что в историографии СССР записано как «добровольное присоединение рабочего народа».

Латвийские пограничные противоречия не обернулись для России такой острой проблемой, как в случае с Эстонией. Переговоры о проведении линии разграничения и демилитаризации между РФ и Латвией начались в 1996 году, при этом Латвия вела переговоры не о «восстановлении» границ, а о демилитаризации пограничных участков между Латвийской Республикой и Российской Федерацией.

Российская сторона не раз предлагала созвать четырёхстороннюю конференцию (Россия и три Балтийских государства). Приводя пример