Аудит матеріальних цінностей доцільно починати з інвентаризації, яку проводять силами і коштами підприємства-замовника під наглядом аудиторів. Перед початком інвентаризації матеріально відповідальна особа складає звіт і дає відповідну розписку . Один примірник звіту матеріально відповідальна особа здає в бухгалтерію підприємства, другий - аудитору.
Інвентаризаційна комісія приступає до перевірки наявності матеріальних цінностей. Аудитор стежить за правильністю проведення інвентаризації та сам записує результати. Оформлені інвентаризаційні описи він передає в бухгалтерію для складання порівнювальної відомості.
Аудитор перевіряє правильність складання порівнювальної відомості й відповідність записів, внесених у неї бухгалтерією, даним бухгалтерського обліку.
Інвентаризація матеріальних цінностей проводиться відповідно до Інструкції з інвентаризації основних засобів, нематеріальних активів, товарно-матеріальних цінностей, грошових коштів і документів та розрахунків, затвердженої наказом Міністерства фінансів України від 11 серпня 1994 р. № 69.
Після інвентаризації аудитори переходять до перевірки повноти оприбуткування матеріальних цінностей. Джерелами перевірки є регістри синтетичного й аналітичного обліку щодо наявності та руху матеріальних цінностей, звіти матеріально відповідальних осіб з прикладеними до них документами, регістри синтетичного і аналітичного обліку розрахунків із постачальниками тощо.
Перевіркою повноти оприбуткування і правильності оцінки куплених матеріальних цінностей аудитори з'ясовують, чи відповідають підсумкові суми, відображені у відомостях обліку матеріальних цінностей, даним інших облікових регістрів (журналів-ордерів). Поряд із тим доцільно перевірити погодженість записів між синтетичним і аналітичним обліком за балансовими рахунками і субрахунками, на яких обліковуються матеріальні цінності. Виявлені розходження є результатом неповного оприбуткування цінностей. Особливу увагу приділяють перевірці операцій за рахунком 63 "Розрахунки з постачальниками і підрядниками", за дебетом якого відображається оплата боргу постачальнику за доставлені матеріальні цінності, за кредитом - їх надходження (оприбуткування). Протягом місяця, як правило, дебетових залишків на цьому рахунку не повинно бути, за винятком вартості оплачених матеріалів, що залишилися на кінець місяця в дорозі або не були вивезені зі складів постачальників. За такими операціями на рахунку 63 "Розрахунки з постачальниками і підрядниками" може утворитися дебетове сальдо, яке наприкінці місяця перераховується з цього рахунка в дебет рахунка 209 "Інші матеріали" без оприбуткування їх на склади. На початок наступного місяця ці суми сторнуються і числяться в поточному обліку як дебіторська заборгованість за рахунком 63, поки матеріали не будуть прийняті й оприбутковані матеріально відповідальними особами.