Основні функції внутрішнього аудиту: контроль за правильністю оформлення, приймання і відпуску матеріальних цінностей, оприбуткування, видачі й перерахування грошових коштів, створення і витрачання власного капіталу; контроль за дотриманням правил штатно-фінансової дисципліни, правильним створенням і розподілом прибутків.
Перелік контрольних функцій внутрішнього аудиту слід оформити відповідним наказом керівника підприємства. У ньому необхідно також передбачити своєчасне й кваліфіковане проведення перевірки з метою прогнозування господарських ситуацій, які призводять до порушення нормативних актів, що дасть можливість своєчасно вжити заходи для попередження (профілактики) правопорушень. За допомогою поточного контролю слід здійснити вибіркові перевірки правильності господарських операцій разом із суцільними перевірками каси, банку, розрахунків з підзвітними особами, списання матеріалів на витрати, забезпечення фінансових результатів, реагування на виявлені порушення.
Структура внутрішнього аудиту підприємства включає три елементи: умови проведення аудиту, систему бухгалтерського обліку і процедури аудиту. Кожний елемент розуміють як наявність правил, процедур, методики і документації, розроблених для захисту своїх коштів, отримання надійної інформації з фінансів, підвищення ефективності роботи і дотримання відповідних вимог. У поєднанні всі перераховані елементи структури внутрішнього контролю забезпечують підприємству зниження небажаного ризику ділової і фінансової діяльності, а також ризик помилок у бухгалтерському обліку.
Внутрішній аудит здійснюється або на основі рішення органів управління фірми, або відповідно до порядку, встановленого законодавством.
Внутрішній аудит є складовою внутрішнього контролю і здійснюється за рішенням органів управління фірми для контролю й аналізу господарської діяльності.