Головування здійснює керівник відповідного міністерства або відомства держави-організатора наради. Місце і час проведення наради узгоджуються заздалегідь.

Для підготовки і проведення нарад за попередньою домовленістю держав-членів можуть створюватися на постійній чи тимчасовій основі робочі групи експертів, які здійснюють свою діяльність відповідно до регламентів роботи, затверджуваними на нарадах керівників міністерств чи відомств. Ці групи формуються з представників міністерств чи відомств держав-членів.

Рада національних координаторів є органом ШОС, що здійснює координацію і керування поточною діяльністю Організації. Він проводить необхідну підготовку засідань Ради глав держав, Ради глав урядів (прем'єр-міністрів) і Ради міністрів закордонних справ. Національні координатори призначаються кожною державою-членом відповідно до його внутрішніми правилами та процедурами.

Рада збирається на засідання не рідше трьох разів на рік. Головування в Раді здійснює національний координатор держави-члена Організації, на території якого буде проводитися чергове засідання Ради глав держав, протягом терміну, який починається з дати завершення останнього чергового засідання Ради глав держав і завершується датою чергового засідання Ради глав держав.

Голова Ради національних координаторів за дорученням голови Ради міністрів закордонних справ під час здійснення зовнішніх контактів може представляти Організацію у відповідності до Положення про порядок роботи Ради національних координаторів.

Регіональна антитерористична структура держав-учасниць Шанхайської конвенції про боротьбу з тероризмом, сепаратизмом і екстремізмом від 15 червня 2001 року з місцем розташування в місті Бішкеку є постійно діючим органом ШОС.

Її основні завдання і функції, принципи формування і фінансування, а також порядок діяльності регулюються окремим міжнародним договором, що укладається між державами-членами, і іншими необхідними документами, прийнятими ними