Зараз значна частина залізничних колій та залізничних терміналів не відповідає європейським стандартам. Якщо розглядати пасажирські перевезення, то проблемою є відсутність належного рівня сервісу на залізничних вокзалах та в самих поїздах, поганий санітарний стан вагонів, відсутність розваг протягом тривалої дороги (відеозал, дитячі вагони). Все це робить подорож залізницею малоприємною для пасажирів. Щодо вантажоперевезень, то тут проблемою є неефективні схеми навантаження та розвантаження потягів, занепад гілок. Що рідко використовуються. Вирішення цих проблем потребує значних капіталовкладень, але основною проблемою є пошук необхідних коштів.

Для залізниці перевезення пасажирів є збитковою діяльністю, яка має фінансуватись за рахунок вантажоперевезень, але рентабельності вантажоперевезень донедавна заважав високий рівень бартеру у розрахунках, тому залізниця весь час відчувала брак “живих” коштів. За останній рік було зроблено багато для вирішення цієї проблеми. Так обсяг бартерних розрахунків скоротився з 85% до 8,7%, що дозволило погасити заборгованість перед бюджетом та працівниками та розпочати оновлення основних засобів.

Хоча є ділянки залізниці, де швидкість пересування потягів становить 160 км/год. Але середня швидкість пересування становить 20 км/год. Причинами цього є низький ступінь електифікованості шляхів; великий відсоток двоколійних шляхів, що робить вимушеними довгі стояння на станціях та пропускання більш термінових потягів; часом причиною є незахищеність колій від впливу природних катаклізмів.

Від Радянського Союзу Україні у спадок серед всього іншого залишилась система залізничних колій, ширина яких не відповідає ширині європейських. Це наносить відчутний удар по транзитним перевезенням, оскільки на кордоні вагони потрібно або перевантажувати, або міняти колеса. Це створює додаткові труднощі та затримку в часі.