Установлення цілей адаптує інноваційний стратегічний напрям розвитку підприємства до конкретних завдань, пов'язаних з виробництвом і результатами діяльності організації. Цілі можна розглядати як обов'язок управлінського апарату підприємства досягти певних результатів з упровадження інновації в певний час. Доки довгострокові плани розвитку підприємства та його місія не пов'язані з конкретними вимірюваними завданнями, сформульована місія лишається тільки нереалізованою ідеєю.

Управлінську цінність цілям підприємства надає їх визначеність у кількісних та вимірюваних показниках, а також зміст граничних значень, яких необхідно досягти.

Основними стратегічними цілями є: обсяги продажу, темпи зростання, частка ринку, прибуток. Обсяг продажу - це визнаний показник престижу фірми і до того ж відображає кількість ресурсів, що переробляє компанія. Зростання важливе з кількох причин. У зростаючій економіці розвиток компанії необхідний для збереження її позицій на ринку, і, щоб підтримувати свою відносну конкурентоспроможність, вона повинна зростати таким самим темпом, як економіка в цілому. Зростання створює можливості для збільшення робочих місць і заробітної плати. Орієнтовані на зростання підприємства сприйнятливі до нововведень.

Водночас інноваційна стратегія має бути спрямована на усунення слабких сторін, які роблять підприємство вразливим і заважають його інноваційній діяльності.