Комплексні цільові наукові програми відкриті для поповнення новими проектами. Рішення про введення нових проектів або вилучення малоефективних приймає замовник програми.

Однією з визначальних умов досягнення програмних цілей є створення ефективного організаційно-економічного механізму управління формуванням та реалізацією програми. Органи управління програми створюють на стадії, яка передує її розробці. Вони виконують повний управлінський цикл. Економічний механізм включає методи визначення та використання економічних важелів, виділення фінансових та матеріально-технічних ресурсів і розпорядження ними, оцінку й стимулювання діяльності виконавців.

Однією з основних функцій управління програмою є контроль за ходом її формування і реалізації. Джерелом інформації для цілей контролю є комплект затвердженої документації, форми державної статистичної звітності, звіти організацій та підприємств-виконавців, форми бухгалтерської звітності, спеціальна звітність за програмами.

Як приклад, можна навести загальнодержавну комплексну програму, що визначається Закон України «Про загальнодержавну комплексну програму розвитку високих наукоємних технологій». Ця програма спрямована на прорив в галузі інноваційної діяльності створення конкурентоспроможного промислового комплексу, здатного в умовах інтеграції та глобалізації розв’язувати основні завдання соціально-економічного розвитку та утвердження України як високотехнологічної держави.

Прискорення розвитку промисловості як ключової галузі передбачається здійснити шляхом системного залучення сучасних організаційних, інтелектуальних, матеріальних, інформаційних, кадрових та інших ресурсів. Вагомий внесок промислового комплексу в економіку, що сприяє поступовому наближенню якості життя в Україні до рівня технологічно розвинутих країн, визначає його провідну роль і місце у забезпеченні важливіших стратегічних інтересів держави.