До складу податкової служби входять такі управління чи відділи (залежно від рівня ДПА): роботи з платниками, податків та зборів, обліку та звітності, ведення баз даних, комп'ютеризації, аудиту, локальних обчислювальних мереж і електронної пошти, юридичних і фізичних осіб, контрольно-ревізійних перевірок, кадрів, бухгалтерія, склад і т. ін.

На податкові органи покладено контроль із забезпечення повноти й своєчасності сплати податків та інших обов'язкових платежів юридичними й фізичними особами з урахуванням різних пільг. Контроль за повнотою та своєчасністю сплати нарахованих податків і обов'язкових платежів здійснюється як під час перевірок безпосередньо на підприємствах, так і на підставі банківських документів, які надходять до податкових органів (копії платіжних доручень, які підтверджують сплату податків, виписок з банку тощо), та бухгалтерської звітності.

Всеосяжний контроль за підприємствами досягається завдяки веденню в податкових органах оперативно-бухгалтерского обліку нарахувань і надходжень кожного виду податків та інших обов'язкових платежів в цілому по ДПА та щодо кожного платника.

Порядок ведення обліку визначається Державною податковою адміністрацією України. Його ведуть Державні податкові інспекції районного рівня, в яких безпосередньо перебувають на обліку як платники податків юридичні особи. Вищі податкові органи ведуть облік надходжень платежів у цілому по областях та державі.

Облік нарахованих податків і сум податків, які фактично надійшли, та фінансових санкцій ведеться згідно з класифікацією прибутків і витрат бюджету. Для чіткого розмежування надходжень прибутків у класифікації визначено конкретні розділи, на які відповідно зараховуються види податків та платежів: платежі, що об'єднані в одну групу; платежі від окремих груп платників. Водночас більшість розділів бюджетної класифікації поділяються на параграфи, що відповідають окремим податкам, установленим на конкретні види продукції (товарів), категоріям платників або видам податків та інших обов'язкових платежів. Вказівки про порядок зарахування конкретних податків та платежів на визначені розділи, параграфи й види бюджетів містяться в законодавчих та інших нормативних актах, що регулюють порядок нарахування й сплати цих платежів.