Власне електронна комерція проходить такі організаційні стадії:

• реклама послуг та товарів на Web-сайтах та проведення презентацій засобами аудіо- та відеодемонстрацій на клієнтських комп’ютерах;
• проведення операції (купівля, зміна суми банківського рахунка тощо) як безпечної трансакції;
• електронна підтримка клієнтів у період експлуатації ними товарів та послуг.

Для взаємовідносин об’єктів та суб’єктів віртуальних банків та е‑комерції надзвичайно важливими є виконання наступних умов:

• гарантії аутентичності, як правило, відправника повідомлення;
• гарантії секретності повідомлень, які сьогодні вважаються достатніми (у разі незнання ключа шифру потрібний практично безконечний ресурс для розшифрування інформації);
• гарантії незмінності (цілісності) повідомлення, методи яких повинні фіксувати будь-яку зміну інформації (цифрові дайджести);
• невідворотність події або гарантії неможливості відмовитися від факту фіксації трансакції отримувачем повідомлення (платежу).

Виконання електронних платежів передбачає існування так званої платіжної системи, яка складається із:

• банків-емітентів;
• банків-екваєрів;
• процесингових центрів (палат);
• розрахункових банків;
• інфраструктури банкоматів (ATM), торгових терміналів (POS) та системи торгівлі і сервісу, які виконують платежі через пластикові картки, електронні чеки та електронні гроші.

Емісія карток у банках передбачає:

• відкриття карт-рахунків;
• друк PІN-конвертів;