Органи Державного казначейства як на центральному, так і регіональному рівнях здійснюють контроль у процесі виконання бюджету. При цьому головні розпорядники коштів подають до Державного казначейства України розподіл виділених бюджетних коштів по областях у розрізі підвідомчих установ та кодів бюджетної класифікації. Розподіли коштів, отримані від головних розпорядників коштів, перевіряються щодо відповідності зазначених у них сум розпису бюджету (лімітам асигнувань), виділеним асигнуванням та залишкам невикористаних асигнувань у цілому і в розрізі кодів бюджетної класифікації. Перевірені розподіли коштів групуються за територіями, після чого складаються реєстри на здійснення видатків по відповідній території. На підставі розподілу та реєстру складається розпорядження на перерахування коштів, один примірник якого подається управлінню бухгалтерського обліку і звітності, яке звіряє суми виділених бюджетних коштів із залишками невикористаних асигнувань з конкретними кодами бюджетної класифікації, після чого погоджений примірник передається операційно-контрольному управлінню для перерахування коштів за призначенням та безпосереднього здійснення видатків.

У разі, коли суми на перерахування перевищують залишки невикористаних асигнувань або не відповідають бюджетному розпису, документи повертаються на переоформлення.

Кошти, які виділені на здійснення витрат державного бюджету, використовуються їх розпорядниками відповідно до затвердженого кошторису і бюджетних призначень, вказаних у реєстрах на здійснення видатків. На підставі поданих розпорядником коштів платіжних доручень, до яких додаються відповідні рахунки, рахунки-фактури, накладні, товарно-транспортні накладні, трудові угоди, договори на виконання робіт, акти виконаних робіт тощо, орган Державного казначейства перераховує кошти за надані послуги, виконані роботи безпосередньо суб'єктам господарської діяльності. Розпорядник коштів несе відповідальність за правильність оформлення розрахункових документів. Подані платіжні доручення перевіряються стосовно правильності заповнення реквізитів та відповідності підписів і відбитку печатки зразкам, що подаються розпорядниками коштів на спеціальних картках. У разі неправильного заповнення реквізитів платіжного доручення, воно повертається розпоряднику коштів з позначкою на зворотному боці про причину повернення, завіреною підписом казначея.