Международный опыт подсказывает, что эффективной в любом случае является такая система администрации в зоне, при которой иностранным инвесторам, желающим осуществлять в зоне хозяйственную деятельность, не надо было бы обращаться в какие-то центральные органы. Известно, что во многих странах, где были образованы специальные зоны, широкое распространение получила система обслуживания "в одном месте", когда все вопросы выдачи необходимых разрешений и лицензий, связанных с осуществлением капиталовложений, решались на месте в оперативном порядке.

Поскольку в Российской Федерации создано несколько зон и возможно создание новых, возник вопрос о координации их деятельности. Поскольку в Российской Федерации создано несколько зон и возможно создание новых, возник вопрос о координации их деятельности федеральными органами управления. Эти проблемы решались в Указе Президента Российской Федерации от 4 июня 1992 г., согласно которому Комитет по иностранным инвестициям (см. выше) обязан контролировать и координировать деятельность по созданию и развитию свободных экономических зон на территории России.

На Украине органами управления в СЭЗ независимо от ее типа являются: местные Советы народных депутатов и местные администрации в пределах своих полномочий; орган хозяйственного развития и управления СЭЗ, создаваемый при участии субъектов экономической деятельности Украины и иностранных субъектов такой деятельности. В то же время в Казахстане органами государственной власти на территории зоны являются Советы народных депутатов, которые делегируют полномочия исполнительной власти административному совету зоны.

Согласно Закону Украины о зонах 1992 г., исполнительным директором органа хозяйственного развития и управления зоны может быть как гражданин Украины, так и гражданин другой страны, работающий по срочному контракту. Для сравнения следует отметить, что в Казахстане аналогичная должность может быть предоставлена только гражданину Казахстана.

Согласно ст. 14 Закона Кыргызстана 1992 г., органом управления СЭЗ является генеральная дирекция СЭЗ, Генеральный директор СЭЗ назначается Правительством. Представляется интересной норма, согласно которой в случае совпадения границ СЭЗ с границами территориальной единицы республики (город, район) исполнение функций Генерального директора СЭЗ возлагается на главу соответствующей местной государственной администрации.