На первом этапе выполнения проекта уже создана неофициальная структура, управляющая его осуществлением, во главе с Рабочей группой, избранной конференцией «Проблемы создания Единого электронного банка данных жертв политических репрессий в пределах СССР», состоявшейся 18-21 мая 2000 г. в г. Нижний Тагил. Роль постоянно действующего координатора работы по проекту (наряду с решением задач регионального центра) поручена проблемной научно-исследовательской лаборатории «Исторической информатики» при историческом факультете НТГПИ - НИЦ «Мемориала» Н. Тагила. В ее составе работают квалифицированные специалисты в области междисциплинарных технологий, ими отработаны методики создания исторических электронных баз и банков данных. Лаборатория имеет научные связи с международной ассоциацией «История и компьютер», Региональным центром новых информационных технологий УГТУ Екатеринбурга, российскими и украинскими «Мемориалами», областными и иными государственными архивами.

Методическим центром проекта на третьей встрече Рабочей группы (Москва, 18-19 ноября 2000 г.) решено сделать НИПЦ Международного и Российского «Мемориала».[9] Параллельно Методический центр организует работу по написанию методических пособий по следующим комплексам источников информации (связанных с основными видами репрессий): лишение избирательных прав; антисоветская, контрреволюционная деятельность; депортации и спецпереселение; советские военнопленные (проверочно-фильтрационные дела).

Региональные координаторы проводят мониторинг и экспертизу проводимой на местах работы по созданию Книг памяти. В результате экспертной оценки результатов деятельности региональных координаторов по мониторингу происходит их отбор на роль координаторов региональных центров. Уже в этом статусе они вовлекают в работу по проекту организации-участники в рамках своей территории на основе договоров, стимулирующих их работу. Возможно проведение специального конкурсного отбора орган