При Петре Великом автономия слободских полков была серьезно ослаблена. Так, в 1711 г. Пётр I наделил перешедших в русское подданство молдавского князя Дмитрия Кантемира и его приближённых чернозёмными угодьями из резервов Харьковского полка. Мнения самих казаков по поводу такой бесцеремонности царь не спросил.

При создании в России губерний вся территория Слобожанщины вошла в состав Киевской губернии. С 1726 года казацкие полки Слобожанщины переданы в ведение Военной коллегии. Следует заметить, что слободские казаки были совершенно верными царю, храбро сражаясь против шведов и прочих врагов России. Указом Анны Иоанновны от 12 марта 1732 г. казацкие полки были преобразованы в армейские, полковники названы премьер-майорами, ликвидировано право заимки, внедрен подушный налог, запрещен свободный выход из Слободской Украины. В том же 1732 г. столицей Слобожанщины стали Сумы.

Императрица Елизавета Петровна в 1743 году упразднила указ 1732 года, и возобновила автономию Слобожанщины. Столица края была перенесена в Харьков. Впрочем, и при Елизавете продолжалось наступление на автономию Слобожанщины. В 1749 году, например, служащим казакам было запрещено не только покидать Слобожанщину, но и оставлять свои полки. Благодатные природные условия, отсутствие крепостничества, прекращение татарских набегов способствовало быстрому росту населения. Между 1745 и 1762 гг количество слобожан увеличилось на 22, 8 %.

Концом Слобожанщины, как автономии в составе России можно считать манифест Екатерины II от 28-го июля 1765-го года. Казаки лишились привилегий и превращены в военных обывателей, вынужденных платить подушный налог. При этом казачьей старшине был предоставлен выбор либо уйти в отставку, либо вступить в регулярные полки. В случаи последнего казачьи чины менялись на армейские. Старшины без боевого опыта получали звание чином ниже.  Этим же манифестом, все слободские полки были