Третім університетом був Новоросійський в Одесі, заснований у 1864 році.

Львівський університет був заснований у 1784 році. У 1849 р. було відкрито кафедру української мови та літератури (голова  - Яків Головацький). У 1894 році відкрито кафедру української історії, яку посів професор М. Грушевський, у 1900 році засновано кафедру української літератури (К. Студинський).

На Буковині університет було засновано у 1875 році в Чернівцях. Мовою викладання була німецька, але існували й кафедри з українською мовою навчання: української мови та літератури, церковно - слов'янської мови та практичного богослов'я.

Університети не обмежували вищої освіти: у Києві існувала Духовна Академія, були Технологічний інститут у Харкові (з 1884р.), політехнічний інститут у Києві (1898р.), у Львові (1884 р.), Ветеринарний інститут у Харкові тощо.

Велику роль в розвитку української культури відіграла Києво-Могилянська академія. Наприкінці 17 століття було декілька спроб закрити академію (зокрема після пожежі 1666р.). Лише за царя Федора становище академії покращилося, у 1701 році Колегія була перейменована в Академію, їй дано право володіти маєтками, призначено щорічну субсидію у розмірі 1000 золотих.

Важливою була діяльність у справі відродження академії гетьмана Івана Мазепи. Мазепа був меценатом і опікуном академії: він збудував для неї новий будинок, новий Братський собор, в якому відбувалися урочисті служби, часто відвідував академію, бував на диспутах тощо.

В ці часи в академії працювали такі видатні професори, як Степан Яворський, Йоасаф Прокопович, енциклопедист Теофан Прокопович (спеціаліст у галузі теології, філософії, літератури, математики, астрономії тощо) та інші.