Втручання держави створює певні перешкоди для фінансування більш прибуткових проектів, а отже, спотворює умови конкуренції і знижує загальну ефективність народного господарства.

Надання державних гарантій базується на прийнятій системі пріоритетів. Вибіркова підтримка певних секторів економіки призводить до зміни відносних цін, а отже, і структури виробництва, яка в результаті такого втручання перестає відповідати пріоритету споживачів.

Досвід промислово розвинених країн свідчить про те, що надання державних гарантій, порівняно з іншими формами субсидіювання, виявляється доцільним лише тоді, коли завдяки гарантіям на ринку залишаються ті підприємства, що мають шанси зберегти свою рентабельність протягом тривалого часу.

Надання державних гарантій, порівняно з іншими формами субсидіювання підприємств, має дві важливі переваги:

- держава одержує можливість надавати підтримку підприємствам без використання бюджетних коштів;

- для підприємств необхідність повернення кредитів стає стимулом до максимально ефективного використання залучених коштів.

Однак в Україні реалії такі, що кредити під гарантію уряду не тільки не мають зазначених переваг, але навіть становлять серйозну економічну проблему, пов'язану з борговими зобов'язаннями держави. У процедурі надання гарантій беруть участь як мінімум 11 установ (міністерства економіки, фінансів, зовнішньоекономічних зв'язків і торгівлі, Фонд держмайна, банк-агент, назване Національне агентство, галузеві управління Кабінету Міністрів, центральний орган виконавчої влади відповідної галузі, незалежна організація, що здійснює цінову експертизу, інші інститути). Збільшення кількості учасників експертизи збільшує витрати на її проведення, але аж ніяк не підвищує ступеня обґрунтованості вибору інноваційного проекту.