Але незважаючи на те, що задачі обліку вирішуються за допомогою ЕОМ, продуктивність праці облікових працівників і працівників апарату управління все ще залишається низькою. Більший ефект від застосування ЕОМ в бухгалтерському обліку можна досягнути шляхом вдосконалення методології і організації самого процесу обліку, підвищення його контрольних властивостей, а також за рахунок більш повного задоволення потреб управління в необхідній інформації. У даний час автоматизація бухгалтерського обліку в основному розвивається по шляху раціоналізації існуючої технології обробки облікової інформації і зниженні її трудомісткості, однак можливості такої автоматизації вельми обмежені. Це пояснюється тим, що існуюча методологія і організація обліку формувалися для ведення обліку вручну.

Таким чином, спостерігається певна суперечність між потужністю ЕОМ, що застосовуються і самою практикою обліку. ЕОМ полегшують труд бухгалтера, але нічого не вносять в його зміст, бо для цього необхідне підвищення ролі обліку в управлінні, зміна і подальший розвиток методології обліку, вдосконалення його організації з тим, щоб максимально відповідати потребам управління.

На базовому підприємстві організаційне забезпечення обліку МНМА в умовах функціонування АРМБ представляє собою сукупність засобів та методів взаємодії персоналу бухгалтерії, інших підрозділів підприємства та технічних засобів. До організаційних документів відносяться:

- керівництво користувача інформаційної системи (у вигляді інструкції чи у вигляді відображення на екрані підказки для бухгалтера);

- посадова інструкція облікового працівника чи наказ по підприємству (передбачає розмежування прав та обов’язків в умовах автоматизованої обробки інформації);