На Дністрі розташований Могилів-Подільський річковий порт. На Дунаї розташовані річкові порти Ізмаїл і Рені.
Водний транспорт є великим забруднювачем довкілля. Забруднення навколишнього середовища водним транспортом відбувається по двох каналах.
по-перше, морські і річкові судні забруднюють біосферу відходами, отриманими в результаті експлуатаційної діяльності.
по-друге, забруднення трапляється у випадках аварійних ситуацій скидом суднами вантажів токсичного характеру, а також нафти і нафтопродуктів.
В умовах звичайної експлуатації основними джерелами забруднення є судові двигуни і, насамперед, головна енергетична установка, а також вода, використана для миття вантажних танків. Енергетичні установки суден забруднюють відпрацьованими газами передусім атмосферу, звідки токсичні речовини частково або повністю потрапляють у води океанів, морів та річок. Нафта і нафтопродукти є основними забруднювачами водного басейну. Негативний вплив водного транспорту на гідросферу пов’язаний з тим, що на танкерах, що перевозять нафту та її похідні, перед кожним наступним завантаженням робиться промивка ємкостей для видалення решток раніше перевезеного вантажу. Промивна вода з залишком вантажу скидається за борт. Після доставки нафтовантажів у порти призначення танкери здебільшого направляються до пункту нового призначення без вантажу. В цьому випадку для забезпечення належної осадки і безпечності плавання нафтові танки суден заповнюють баластною водою. Ця вода забруднюється нафтовими залишками. враховуючи, що обсяги перевезення нафтопродуктів танкерами у світі щорічно зростають, надзвичайно актуальним є створення ефективних засобів очистки промивних і баластних вод. Таким шляхом у води світового океану потрапляє до 28% нафтопродуктів.
Іншими статтями забруднення водних об’єктів є: аварійні викиди бурових установок, що розташовані на морських шельфах (4%) зі стоком річок ‑ 28%, поверхневим стоком з берегів – 16%, з суден, що знаходяться в портах – 14%, з атмосфери – 10%. Встановлено, що кожна тонна скинутої у воду нафти розтікається на поверхні на площі 12 км3, а за даними фахівців в моря і океани щорічно виливається до
10 млн.т нафтовантажів. Океанологи вважають, що забруднення поширилося на 15% поверхні світового океану. Слід зауважити, що в екваторіальній зоні нафта піддається більш швидкому розкладанню, ніж у півничних широтах. До того ж, в даний час, в зв’язку з видобування нафти з дна моря у води Арктики її стало надходить більше, ніж в попередні роки.