Форми організації служби внутрішнього аудиту на окремому підприємстві повинні вирішуватися власником або керівником в залежності від цілей та задач, поставлених перед цією службою, але в будь-якому випадку служба внутрішнього аудиту повинна бути укомплектована професійно придатними, кваліфікованими кадрами, які здатні виконати покладені на них функціональні обов'язки.

Ефективний внутрішній аудит може знизити витрати компанії на зовнішній аудит, але не може скасувати його необхідність для компанії. Також важливо врахувати те, що не рекомендується користуватися послугами зовнішнього аудитора компанії для проведення внутрішніх аудитів, оскільки подібне поєднання може призвести до втрати принципу незалежності, що є одним із першорядних чинників у роботі зовнішнього аудитора.

На основі вивчення світової досвіду організації системи внутрішнього аудиту можна виокремити і використати в українській практиці наступні вимоги:

- встановлення надійної та дієвої системи внутрішнього аудиту;

- забезпечити ефективність функціонування даної системи;

- підтримка балансу внутрішніх та зовнішніх можливостей розвитку системи внутрішнього аудиту;

- своєчасне виявлення випадків шахрайства, порушень, відхилень від норм, що регулюють фінансово-господарську діяльність підприємства;

- підтримання оптимальних параметрів системи;

- безперервність розвитку та удосконалення системи;

- організаційна структура системи внутрішнього аудиту повинна відповідати розмірам та ступеню складності підприємства (на підприємствах малого бізнесу функції внутрішнього контролю може виконувати керівник, а на великих – служба внутрішнього аудиту).

Підвищенню ефективності діяльності підприємства може суттєво сприяти інтеграція внутрішнього аудиту з управлінським обліком та функціонально-вартісним аналізом, які спільно мають утворити систему дієвого контролінгу, покликану вишукувати та мобілізувати резерви економії ресурсів, раціоналізацію технологічних процесів, зменшення собівартості та підвищення конкурентоспроможності продукції, товарів, робіт (послуг). Таким чином наступним проблемним аспектом внутрішнього аудиту є визначення його місця серед системи управління підприємством. Тобто підприємство має розглядати внутрішній аудит не як систему контролю з фіскальною метою, а як систему, що покликана знайти приховані резерви на підприємстві з метою покращення ефективності діяльності підприємства.