рослин — з целюлози і глікопротеїнів. Мабуть для крупніших еукаріотичних клітин стало неможливо створювати клітинну стінку з однієї молекули високу по міцності. Ця обставина могла змусити еукаріот використовувати інший матеріал для клітинної стінки. Різноманітний і обмін речовин у бактерій. Взагалі  виділяють чотири типи харчування, і серед бактерій зустрічаються всі. Це фотоавтотрофні, фотогетеротрофний, хемоавтотрофні, хемогетеротрофні (фототрофні використовують енергію сонячного світла, хемотрофні використовують хімічну енергію). Еукаріоти ж або самі синтезують енергію з сонячного світла, або використовують готову енергію такого походження. Це може бути пов’язано з появою серед еукаріотів хижаків, необхідність синтезувати енергію, для яких відпала. Ще одна відмінність - будова джгутиків. У бактерій вони тонкі — всього 15-20 нм в діаметрі. Це порожнисті нитки з білка флагелліну. Будова джгутиків еукаріот набагато складніша. Вони являють собою виріст клітки, оточений мембраною, і містять цитоскелет (аксони) з дев’яти пар периферичних мікротрубочок і двох мікротрубочок в центрі. Дві групи аналізованих нами організмів сильно відрізняються і за своїм середнім розмірам. Діаметр клітини прокаріотів становить зазвичай 0,5-10 мкм, коли той же показник у еукаріот складає 10-100 мкм. Обсяг такої клітини в 1000-10000 разів більше, ніж прокаріотичної.

Основні відмінності між прокаріотами та еукаріотами наведені в таблиці.