Бактеріальна мікрофлора кишок може варіювати як кількісно, так і якісно, тобто види бактерій, наявних в іншій його частини. Крім того, велика кількість бактерій може бути виявлена, наприклад, в задній кишці і невелика кількість тих же бактерій в середній кишці, або навпаки [32]. Якщо розглядати травний канал в цілому, то можна зробити висновок, що схожі кількісні і якісні зміни спостерігаються як у різних видів комах, так і у різних особин одного вигляду. У деяких комах кишка стерильна, що часто спостерігається у кровосисних, або тих які живляться соком рослин. У деяких кусючих і гризучих комах бактеріальна мікрофлора відсутня. Інколи стерильними бувають лише окремі ділянки кишки. Так, наприклад, в личинок зеленої падальної мухи, яких застосовували у свій час для лікування остеомієліту, бактерії, що потрапляють в кишку разом з їжею, гинуть під час проходження через довгий трубкоподібний шлунок, так що жодна з них не досягає в живому стані задньої кишки [33].

У травному каналі деяких комах і кліщів виділяються особливі бактерицидні речовини, що вбивають навіть in vito таких бактерій, як Micrococcus aureus var. аureus (Staphylococcus aureus). Якщо таку бактерію поглинає, наприклад персидський кліщ Argas persicus Oken., у кишці вона скоро виявляється убитою. В жигалки звичайної Stomoxys calcitrans і деяких інших комах не лише кишка, але і фекалії містять бактерицидні речовини. Ці речовини не інактивуются, якщо їх піддавати дії температури 58 ºС впродовж 30 хвилин [34].

Вважається, що найбільш поширена у комах група бактерій – це дрібні грамнегативні палички. В цьому відношенні бактеріальна флора комах подібна з флорою вищих тварин. З цієї групи найчастіше зустрічаються бактерії, схожі з кишковою паличкою людини і вищих тварин, які зазвичай зброджують лактозу, і споріднені з ними групи.

Наступна поширена група – мікрококи і спороутворюючі бацили. Велика їх частина – це звичайні спорофітні форми, широко поширені в природі. Спірили в кишці здорових комах зустрічаються рідко.