Зустрічна перевірка застосовується також при вивченні одних і тих же показників у різних первинних документах клієнта, наприклад, обсяг виконаної роботи може бути зафіксований у первинних Документах з нарахування заробітної плати і в документах з приймання продукції, робіт та послуг.

Перевірка може бути організована по-різному. Так, в практиці аудиторської роботи виділяють чотири основні методи організації перевірки суцільна перевірка (документальна і фактична), вибіркова, аналітична, комбінована.

При суцільній перевірці перевіряються всі масиви інформації без винятку по господарських процесах, що відбулись у клієнта за перевірюваний період. На підставі суцільної перевірки аудитор робить висновок щодо достовірності, доцільності та законності відображення в бухгалтерському обліку і звітності дій і подій, здійснених економічним суб'єктом за весь перевірюваний період. Такі перевірки є найбільш точними, а ступінь ризику невиявлення зводиться до мінімального.

Проте вони вимагають дуже великих трудових і матеріальних витрат. Тому при проведенні традиційних перевірок (обов'язковий аудит або аудит на замовлення клієнта) суцільна перевірка є недоцільною. Такі перевірки застосову-ються для встановлення доказів та визначення заподіяної шкоди в результаті різного роду правопорушень. Як правило, суцільні перевірки проводяться на замовлення правоохоронних органів.

Вибіркова перевірка передбачає застосування аудиторських процедур до частини інформації, які дозволяють аудитору отримати аудиторські докази і, оцінивши окремі характеристики вибраних даних, перенести ці характеристики на всю сукупність даних.

Ризик невиявлення збільшується, адже за межами вибірки можуть залишитися факти порушень та помилок. Тому аудитор повинен уважно формувати вибірку з урахуванням мети аудиту, сукупності даних (загальної сукупності) и обсягу вибірки Вибірка повинна бути репрезентативною, тобто відображати всі основні властивості загальної сукупності.