Податковий контроль в Україні потребує правового закріплення основних елементів його системи, принципів здійснення, завдань та функцій; методики проведення його основних видів, а також розроблення нових підходів управління професійними, морально-етичними, психологічними аспектами діяльності персоналу податкової служби. Все це має сприяти протидії ухиленню від оподаткування, формуванню довіри до податкової служби.

На сучасному етапі можна виділити три основні напрями реформування системи податкового контролю в Україні:

- по-перше, це реформування системи органів державного податкового контролю, удосконалення їх структури, зокрема з урахуванням положень адміністративно-територіальної, бюджетної реформи, уточнення завдань та функцій;

- по-друге, удосконалення методики податкового контролю, підвищення його ефективності з урахуванням прогресивного зарубіжного досвіду податкового адміністрування;

- по-третє, удосконалення законодавчої бази з питань здійснення заходів податкового контролю з метою покращення правового захисту підконтрольних суб’єктів та забезпечення інтересів держави у податковій сфері.

Нинішня організаційна структура ДПС має ряд недоліків. По-перше, вона є досить централізованою системою, основними ієрархічними рівнями управління якої є державний, регіональний (область, автономна республіка), міський та районний.

По-друге, відсутність децентралізації під час адміністрування податків призводить до виконання центральним органом ДПС України не властивих йому функцій (наприклад, списання податкового боргу, контролювання неподаткових платежів, здійснення валютного контролю тощо).

По-третє, наявний неефективний розподіл функцій і процедур між структурними підрозділами податкової служби, а також окремими працівниками. Усунення зазначених недоліків у організаційній структурі ДПС України потребує вживання ряду заходів для її удосконалення