Енергетичні установки суден забруднюють відпрацьованими газами (СО, СО2, СхН7, NхO SO2), сажею і незгорілими частками палива передусім атмосферу. Звідки токсичні речовини частково або повністю потрапляють у води океанів, морів і річок. Особливо це стосується СО, СО2 і СхН7, які важчі за повітря і накопичуються на поверхні водного середовища. CO і газоподібні вуглеводні викиди суднових теплових двигунів беруть участь в окислювальних реакціях і в кінці перетворюються в co2, наявність якого в атмосфері обумовлює парниковий ефект. Крім відміченого, оксиди азоту руйнують озон і стратосферу, що призводить до ряду негативних природних явищ. Треба брати до уваги і шкоду водному середовищу від важких металів та оксидів, в тому числі й заліза, а також від шуму і вібрації теплових двигунів. Як висновок можна відмітити, що головну роль у забрудненні моря при морських перевезеннях відіграють викиди теплових двигунів, особливо двигуни, що використовують високосірчисте паливо.
Важливу роль може зіграти переведення суден прибережного плавання і портового флоту на природний газ та застосування водню з гідридних акумуляторів до рідкого палива. З цією метою доцільно застосовувати комплекс заходів, включаючи питання утилізації випарів рідких залишків нафтовантажів танкерів для забезпечення економічної роботи. Утилізація випарів нафтовантажів - один із ефективних заходів по охороні довкілля. Особливу високу природозахисну роль відіграють газотурбогенератори, використання яких у складі пересувних електростанцій, дослідних станцій може знизити до мінімуму забруднення довкілля. Особливо це важливо для станцій, що працюють у льодах Арктики та Антарктики, екосистеми яких тендітні і легковразливі.
Дуже вчасно розробляти і реалізувати заходи попередження забруднення водного басейну.
До основних заходів попередження забруднення водних об’єктів транспортними судами треба віднести:
- заборону скидання забруднюючих відходів з суден у внутрішніх водоймах;
- прийняття міжнародних угод про припинення скидання з суден усіх видів відходів і змиву нафтовантажів, забрудненої ними води у відкритих морях і океанах в межах встановлених зон;
- обладнання суден додатковими засобами та установками для утилізації або знешкодження деяких видів відходів, а також для тимчасового накопичення частини відходів з наступною здачею їх на берег для знешкодження або переробки;