В більшості випадків шахти, що підлягають закриттю розташовані біля населених пунктів і промислових підприємств. При повному затопленні шахти тут виникає загроза як підтоплення цивільних і промислових об’єктів, так і проривів води в сусідні працюючі шахти. Тому ліквідація таких шахт звичайно виконується частковим затопленням виробок до певного рівня, який встановлюється за даними спостережень та характером поведінки підземних вод навколо затопленого об’єкту.
Зміни гідрогеологічного режиму при затоплені шахт полягають в наступному:
1. Зміна режиму перших від поверхні водоносних горизонтів починається зараз же, коли верхня відмітка рівнів шахтних вод зрівнюється з відміткою ложа водоносу, так як до цього моменту вода рухалась зверху униз (з водоносного горизонту у виробку). Далі цей процес буде поступово затухати, а, у ряді випадків, може розпочатись переток шахтних вод у водоносні пласти.
2. Долини глибоко врізаних річок і балок, які перерізають шахтні поля і прилеглі до них простори до затоплення були областями живлення і часто основними складовими водопритоку у виробки. Після затоплення вони перетворюються в область розвантаження шахтних вод.
3. При затопленні шахт, лише в початковий період (3–4 роки) має місце скорочення притоку води з водозбірної площі до водотоків. Після оновлення всього розрахункового простору шахти стік в природні водотоки поступово збільшується до тих розмірів, які спостерігались до будівництва шахти.
4. Збільшується величина інфільтраційного живлення водотоків, якщо на шахтному полі розташовані об’єкти водогосподарського призначення: ставки – відстійники, водосховища, зрошувальні масиви та інші.
5. Збільшується мінералізація шахтних вод і, в тому числі, тих, що виходять на денну поверхню. В них міститься, порівняно з водою водоносних горизонтів до затоплення, надлишкова кількість сульфатів, магнію, кальцію, заліза і алюмінію. Найбільша мінералізація води, що виходить з шахти після її затоплення спостерігається в перший період виклинювання їх на денну поверхню. З часом мінералізація знижується але не сягає того рівня, який був до затоплення. Причиною підвищеної мінералізації шахтних вод є розчинення ряду хімічних елементів, що містяться у вугіллі або в супутніх породах.
Так як демінералізація шахтних вод, що потрапляють у водотоки і водозабори не можлива, то основними заходами по покращанню даної екологічної ситуації є: виключення виходу шахтних вод у водоносні